مرگ زود هنگام
اغلب تمساح ها و كروكوديلها ، سال اول زندگيشان يا هنگامي كه هنوز در تخم هستند ، مي ميرند . آنها به دليل حوادث طبيعي مثل سيل از بين مي روند و يا حيوانات ديگر آنها را شكار كرده و مي خورند .

.
مرگ در لانه
در آفريقا ، دامداران جهت ايجاد مرتع براي دامهاي خود ، گياهان پاپيروس و ني را مي سوزانند . متأسفانه ، اين آتش سوزي معمولاً درفصل لانه سازي كروكوديلها انجام مي گيرد ،‌ بنابراين تخمها و لانه ها مي سوزند و از بين مي روند . و گاهي اوقات هم كروكوديلهاي بالغ نمي توانند از آتش فرار كنند و آنقدر مي سوزند تابميرند .
.
مرگ بچه ها
از آنجائيكه اغلب بچه ها براي شكستن تخمشان و بيرون كشيدن خود از لانه ، به كمك نياز دارند ؛ اگر مادر نتواند برگردد و كمكشان كند ، آنها خواهند مرد .
.
درجه حرارت و سن مادرها از ديگر عوامل موثر بر مرگ ومير تمساح و کروکوديل ها هستند. اگر درجه حرارتي كه درآن تخم به بچه تبديل مي شود خيلي زياد و برعكس خيلي كم باشد ، يا اگر مادر بسيار جوان يا پير باشد ؛ بعضي بچه ها با عيوبي مثل اسپينا بيفيدا(Spina bifida) ( جايي كه پوشش ستون فقرات كامل نيست وموجب فلجي مادرزادي ميشود) ، كوري (Blindness)و كام شكافته (Clift palate)( شكاف يا سوراخي در سقف دهان ) متولد مي شوند . محققين با برداشتن يك سوم از قسمت بالاي پوست تخم ، رشد بچه تمساح را مورد مطالعه قرار مي دهند . ماداميكه بچه به طور عادي به رشد خود ادامه مي دهد ، آنها مي توانند رشد او را تماشا كرده و عكس بگيرند . همچنين مي توانند ببينند ، چه چيزي باعث ايجاد نابهنجاريهايي مثل كام شكافته مي شود و حتي قادرند قبل از اينكه بچه تمساح متولد شود ، با استفاده از جراحي جزئي ، آسيبي را كه به او وارد آمده است ، معالجه كنند . در نهايت شانس زنده ماندن اين بچه ها بسيار كم است . شكار كردن بچه هاي سالم و قوي توسط شكارچيان كار بسيار مشكلي است ، اما برعكس ، شكار بچه هاي ضعيف و غير طبيعي بسيار آسان است .
هر چه تمساح ها و كروكوديلها بزرگتر مي شوند ، كمتر مي ترسند . حيوانات كمي وجود دارند كه براي شكار يك تمساح يا كروكوديل بزرگ و بالغ ، به اندازه كافي بزرگ و شجاع باشند . به غير از معدود حيوانات شكارچي ، انسانهايي نيز هستند كه بي هيچ ترسي تمساح ها و كروكوديلها را براي پوستشان يا صرفا براي تفريح مي كشند .حتي خود آنها نيز در شرايطي مثل جنگ و همنوع خواري باعث مرگ يكديگر مي شوند . آنها به دليل خطراتي كه در حياط وحش با آن روبرو هستند كمتر از انسانها شانس سالم متولد شدن ، زنده ماندن و به سن پيري رسيدن را دارند .
.
دشمنان خطرناك
حيوانات زيادي وجود دارند كه تمساح ها و كروكوديلها را طعمه خود قرار مي دهند. آ‌نهايي كه كوچكتر وضعيف تر هستند ، بيشتر طعمه شكارچيان مي شوند . غذاي مورد علاقه و لذيذ آنها ، تخم تمساح ها و كروكوديلهاست . بچه هاي آنها نيز غذاي خوشمزه اي براي حيوانات ديگر هستند . با اينكه تمساح ها و كروكوديلهاي بالغ كمتر براي شكارچيان اشتها آورند اما گاهي توسط آنها مورد حمله قرار مي گيرند . حيواناتي كه ممكن است تمساح ها و كروكوديلها را شكار كنند عبارتند از : پلنگها ، خرس ها ، خوكهاي وحشي ، سگها ، روباهها ، راكونها ، اوپوسوم ها ، راسوهاي آمريكايي ، ميمونها ، بابونها ، موشها ، خزندگان عظيم الجثه ، مارها ، انواع زيادي از پرندگان ، لاك پشت ها و ماهيها .
شكارچيان از كشوري به كشور ديگر متفاوتند . مثلاً‌ ، از آنجائيكه تخم و بچه تمساح هاي آمريكايي در آمريكا يافت نمي شوند ، توسط پلنگ ها ، بابونها و خزندگان عظيم الجثه شكار نمي شوند . اما تمساح ها ي مادر هميشه طعمه راكونها ، اوپوسوم ها ، راسوهاي آمريكايي ، خرسهاي سياه و پرندگان بوده اند . برخي شكارگران مثل شيرها ، اسبهاي آبي و فيلها ؛ كروكوديلهاي نيل موجود در آفريقا را شكار مي كنند .
آناكونداها(Anacondas) (مارهاي عظيم الجثه اي كه آنقدر قرباني خود ر ا ميفشارند تا بميرد ) كايمن هايي را كه از نظر اندازه متوسط هستند و در مركز و جنوب آمريكا يافت مي شوند را مورد شكار قرار مي دهند .
پلنگ ها و ببرهاي موجود در آسيا از حمله به كروكوديلهاي بالغ و شكار آنها نمي ترسند .